První tři roky strávil Tutanchamon v Achtatonu, během nichž se jeho příbuzný Aj jako regent snažil napravit chyby spáchané Achnatonem. Aby se vrátila stabilita, bylo nutné se vrátit ke starému řádu, a nakonec se během třetího roku Tutanchamonovy vlády dvůr znovu usadil v Thébách, kde byl mladý král korunován.
Staré náboženství Amona bylo obnoveno a král si změnil jméno z Tutanchaton na Tutanchamon, jeho žena si změnila jméno z Anchesenpaaton na Anchesenamun. Během následujících několika let se vynakládaly snahy napravit vše, co Achnaton udělal špatně. Egypt se postupně vrátil ke stabilitě… téměř. Máme jen velmi málo důkazů o tom, co se tehdy skutečně dělo. Ale náhle a zcela nečekaně, v osmnáctém roce mladého krále, zemřel.
Forenzní vyšetření Tutanchamonovy mumie vrhlo jen málo světla na pravděpodobnou příčinu smrti. Rentgenové snímky jeho lebky odhalily, že utrpěl těžký úder do hlavy. Rána však vykazuje určité známky hojení, a proto ji první pozorovatelé odmítli. Nyní se zdá pravděpodobné, že k tomuto uzdravení mohlo dojít, když byl Tutanchamon v kómatu, a že úder byl dostatečný, aby způsobil jeho úmrtí. Zda byl úder dílem náhody nebo byl způsoben úmyslně, nelze zatím nijak prokázat.
Nepřímé důkazy však naznačují, že mladý král, nepochybně ovlivněn svými ranými léty na dvoře Achnatona, mohl vykazovat známky toho, že by se ve své politice více přizpůsobil chování svého předchůdce. To by stačilo k vyvolání poplachu nejen u dvora, ale i u kněžstva, a Tutanchamon byl možná zabit proto, aby se zabránilo návratu chaosu do Egypta. Jasné je, že Tutanchamon zemřel nečekaně a bez dědiců. Jeho vlastní hrobka byla nedokončená a zdá se, že byl pohřben v hrobce původně určené pro Ay.
