Přetrvávající oblak prachu nebyl jediným problémem, kvůli kterému byl rok 536 tak špatný. Prokopius se zmínil o moru, který následoval po temnotě roku 536, a Michael Syrský napsal o zkáze, která procházela Byzantskou říší: Následoval bezprecedentní mor, který začal v Konstantinopoli, kde první den [zahynulo] 5 000 lidí, druhý den 10 000, třetí 15 000, čtvrtý 18 000 – čísla hlášená auditory, které císař umístil k branám města. Napočítali až 300 000 lidí… a pak přestali oběti počítat.
Nikdo nebyl imunní, protože „nejprve zaútočil na chudou vrstvu obyvatelstva, poté na obchodníky a šlechtu včetně císařského paláce“. Symptomy „začaly [boláky], které se vytvořily v dlani, a postupoval, dokud postižený nebyl schopen udělat krok. Nohy otékaly, pak praskly boláky a vytékal hnis.“
Mor v Konstantinopoli znamenal „že město začalo páchnout [od nepohřbených], a tak [je] byli vhozeni do moře, ale těla se stále znovu vynořovala. Císař Justinián nařídil [je] odstranit z města, ale „sami nosiči [byli poraženi nemocí] na ulici. Navíc se dokonce stalo, že někdo vešel do opuštěného domu a shromáždil jeho poklady, aby je [sebral], ale skončil [nevyvázl živý] u dveří na cestě ven.“
V jiných částech říše se však situace ještě více zhoršila: Mor se rozšířil do Egypta, kde bylo jedno město vyhlazeno [tímto způsobem]: naživu tam zůstalo jen sedm mužů a jeden chlapec. Když se potulovali po městě, najednou těch sedm mužů [padlo] na místě. Pak chlapec uviděl anděla Božího v masce starého muže. Když anděl viděl dítě plakat, odvedl ho z města a řekl: „Teď jdi a neplač, protože tento trest je odplatou za vaše kacířství a hřích.“
To, čemu se začalo říkat Justiniánův mor, vyhnalo z Byzantské říše mezi počátkem v roce 540 a polovinou 8. století miliony lidí…
