Projekt nebyl původně zaměřen proti Sovětskému svazu; spíše obava byla, že němečtí vědci by mohli emigrovat a pokračovat ve výzkumu v zemích, které zůstaly během války neutrální. Velké úsilí USA bylo zaměřeno na Sasko a Durynsko, které se 1. července 1945 staly součástí sovětské okupační zóny. Mnoho německých výzkumných zařízení a personálu bylo evakuováno do těchto států, zejména z oblasti Berlína. SSSR pak během jedné noci 22. října 1946 přesídlil více než 2200 nacistických specialistů – celkem více než 6000 lidí včetně rodinných příslušníků – v rámci operace Osoaviakhim.
V tajném nařízení rozeslaném 3. září 1946 prezident Truman oficiálně schválil operaci Paperclip a rozšířil ji na 1000 německých vědců pod „dočasnou, omezenou vojenskou vazbou“.
Hermann Oberth (v čele) s představiteli Armádní agentury pro balistické střely v Huntsville, Alabama v roce 1956. Zleva doprava kolem Obertha: Ernst Stuhlinger (sedící), generálmajor H. N. Toftoy, velící důstojník odpovědný za „Project Paperclip“, Wernher von Braun, ředitel divize Development Operations, Robert Lusser, inženýr z Project Paperclip.