Už ve starověku a středověku se pod pojmem knedlíky skrývaly menší kuličky či šišky z máčené housky a masa, které se často smažily, patrně na sádle. Archeologové objevili i důkazy, že knedlíky byly konzumovány už v Číně během dynastie Tang. Asi první recept na knedlíky se objevil v římském kuchařském rukopise, který byl patrně napsán kolem roku 400 n.l. Patrně první zmínka o přípravě houskových knedlíků je z 7. století.
Až od 17. století se ve střední Evropě začala pro přípravu knedlíků používat v základu i mouka, kdy se tyto buchty, jak se jim v té době říkalo, vařily v horké vodě nebo pekly. Nešlo jen o klasickou mouku, na stolech se objevovaly i knedlíky mandlové, rýžové, rozličných tvarech a i náplní. V Bavorsku se už od 17. století začalo objevovat v tehdejších kuchařkách nemálo receptů na knedlíky. V anglickém Norfolku se jednalo o menší kulaté knedlíčky podávané k vývaru či jako sladký dezert.
Až počátkem 19. století se jim začalo říkat knödel, u nás zlidověl název knedlík. V té době v nekynuté formě, občas s máslem nebo smetanou či s bylinkami a podávané spíše jako hlavní jídlo s rozpuštěným máslem, nikoliv jako příloha.