Když Američané na obou stranách linie Mason-Dixie reagovali na Lincolnovu smrt, část Konfederace se cítila méně znepokojena smrtí významného vůdce a více se znepokojovala tím, co to pro ně znamená. Konkrétně se mnoho představitelů Konfederace obávalo, že ponesou vinu za atentát. Pravda, ani neuvedli Johna Wilkese Bootha do lóže ve Fordově divadle, ani nestiskli spoušť pistole, která Lincolna zabila. Přesto se připravili na nápor kritiky.
Dokonce Edwin Stanton, ministr války za federální Spojené státy, ukázal prstem na představitele Konfederace. Na jeho příkaz úřady zatkli za spiknutí řadu úředníků. V důsledku toho se mnoho jižanských vůdců snažilo odsoudit vraždu, aby se distancovali od Bootha a spiklenců. Úřady podezřívaly, že se na Lincolnově smrti mohl podílet konfederační ministr zahraničí Judah Benjamin, zejména proto, že měl vazby na Johna Surratta, jednoho ze spiklenců atentátu…
